富集分析是指与所有鉴定到的目标代谢物、蛋白质、基因背景相比,差异代谢物、蛋白质、基因中显著富集到的功能条目,从而给出差异代谢物、蛋白质、基因与哪些生物学功能显著相关。
富集气泡图是其中一种展现形式,适用于各种功能性数据库,常用的有GO数据库、KEGG数据库、COG/KOG数据库等。可从不同的方面了解代谢物、蛋白质、基因参与的生理功能、结构特征、亚细胞位置等,进而揭示代谢物、蛋白质、基因在各个生命活动中的生物学意义。
相比于传统的散点图的X、Y轴,气泡图多了一个维度:以气泡大小来显示富集的基因数量,并且颜色更加丰富进一步增加了结果图的信息密度和美观程度
气泡图怎么看呢?
①纵坐标:代表细胞的生物学功能(诸如生物过程BP,分子功能MF,细胞组分CC)或者
各分子发挥功能的通路(如代谢途径,致癌途径等等)。
②横坐标:这里是富集评分,表示基因集合在特定功能或通路中的富集程度,得分越高表示
富集程度越高。也有很多图横坐标是GeneRatio:表示通路下基因占基因总数的比例
③气泡大小表示基因数量,气泡越大基因个数越多
④富集的显著性,P值越小越显著